2041 год. В результате масштабного прогресса в области кибернетики человечество получило возможность заменять собственные конечности на роботизированные аналоги. Подполковник Мотоко Кусанаги, сотрудница 7-го управления службы безопасности, занимается расследованием дела о загадочном хакере, известном под псевдонимом Марионеточник.
В ходе оперативной работы выясняется, что преступник обладает уникальными способностями по взлому кибернетических имплантов. Кусанаги и её команда пытаются выяснить мотивы и истинные цели таинственного злоумышленника, чьи действия ставят под угрозу безопасность всего общества.